Соревнование проходит в два этапа. Первый – отборочный интернет-этап, в котором могут принять участие школьники из любых регионов России. Для каждого класса разрабатываются свои задания. Некоторые вопросы выходят за рамки школьной программы. Второй этап – очный, проводится на биологическом факультете МГУ имени М. В. Ломоносова. В нем участвуют победители отборочного этапа. Для учеников 5 и 7 классов запланирован также практический тур второго этапа.

Победители и призеры олимпиады прошлого года имеют право участвовать в очном этапе этого года, минуя заочный этап. Тем не менее организаторы рекомендуют им не пропускать заочный тур, так как задания каждого следующего класса сильно отличаются по сложности от предыдущего (добавляются совсем новые области знаний – ботаника, зоология, физиология).